با وجود آن کهامام نقی علیه
السلام در سامرا تحت مراقبت شدید بود و در این راه، رنج ها و مرارت های
فراوانی تحمل کرد، ایشان به کم ترین سازشی باستمگران تن نداد. این امر برای
خلفای ستمگر عباسی، هراس آور و غیرقابل تحمل بود و از این رو، تنها راه
خاموش کردن آن نور خدا را، از میان برداشتن آن بزرگوار دانستند و بدین
ترتیب، امام نقی علیه السلام نیز هم چون امامان پیشین علیه السلام ، به
مرگ طبیعی از دنیا نرفت؛ بلکه در عصر خلافت معتز مسموم گردید او در ماه رجب
سال 254 هجری به شهات رسید. ایشان، سپس در شهر سامرا، در منزل خویش به خاک
سپرده شد و بدین ترتیب، میراث والای امامت را به فرزند بزرگوارشان امام
حسن عسگری علیه السلام واگذاشت.